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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  33 lines
  1. *****************************
  2. * Glycine radical signature *
  3. *****************************
  4.  
  5. Escherichi coli  pyruvate formate-lyase  (EC 2.3.1.54)  (gene pfl)  is  a  key
  6. enzyme of anaerobic  glucose metabolism,  it  converts  pyruvate  and CoA into
  7. acetyl-CoA and pyruvate.  This enzyme  is  posttranslationally interconverted,
  8. under anaerobic conditions,  from an inactive to an active form that carries a
  9. stable radical localized to a specific glycine at the C-terminal region of the
  10. polypeptidic chain [1].
  11.  
  12. Such a glycine radical seems [2]  also to be present in Escherichia coli (gene
  13. nrdD) and bacteriophage T4 (gene sunY)  anaerobic  ribonucleoside-triphosphate
  14. reductase (EC 1.17.4.2). An Escherichia coli hypothetical protein (yijL) which
  15. is highly similar to pfl could also contain such a radical.
  16.  
  17. These proteins share a conserved region  centered around the glycine which, in
  18. pfl, is  known to  bear the free radical.  We  use this region has a signature
  19. pattern.
  20.  
  21. -Consensus pattern: [STIV]-x-R-[VT]-[CSA]-G-Y-x-[GAV]
  22.                     [G carries the radical]
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: a phage T4 hypothetical protein and
  25.  a fragment from a Serratia liquefaciens hypothetical protein which could be a
  26.  member of this family.
  27. -Last update: October 1993 / First entry.
  28.  
  29. [ 1] Wagner A.F.V., Frey M., Neugebauer F.A., Schaefer W., Knappe J.
  30.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:996-1000(1992).
  31. [ 2] Sun X., Harder J., Krook M., Joernvall H., Sjoeberg B.-M., Reichard P.
  32.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90:577-581(1993).
  33.